媽閣廟位於媽閣山的西側，主要由入口大門、牌坊、正殿、弘仁殿、觀音閣以及正覺禪林組成。最初被稱作「娘媽廟」、「天妃廟」或「海覺寺」，後來改名為「媽祖閣」，在華人社區中通常被稱為「媽閣廟」。

正殿是供奉天后的一座神殿，被稱為神山第一殿，與入口大門及弘仁殿成一條直線。這座建築主要由花崗石和磚頭搭建而成，花崗石是主要材質，所有的柱子、梁、牆體和屋頂均為此材料修築，並設有大面積的琉璃花磚方窗。弘仁殿的規模相對較小，僅約3平方米，建築背靠山岩，內部包含了天后的神像及浮雕裝飾。與之相比，觀音殿則主要由磚石構建，設計較為簡單，為硬山式結構。正覺禪林位於建築群的前方，與正殿並列於同一平台，其在規模和設計上都更為考究。這座建築由供奉天后的正殿和側殿組成，侧殿的結構類似一般的民居，主建築由四根梁支撐，分為三個開間，屋頂覆蓋著琉璃瓦，設有防火功能的“鑊耳”山牆。正立面的設計分為五個部分，中央部分最高，並裝飾以泥塑，頂部以琉璃瓦包邊，這些特色彰顯了該殿的獨特重要性和濃厚的閩南文化特徵。