「九十九島水族館」座落於「九十九島珍珠海洋遊覽區」內，其最大特色是擁有日本稀有的露天大水槽，展示了約120種、總共3000隻魚類。當陽光照射下來時，水槽呈現出夢幻的景色！在水族館內，遊客還可以體驗採珍珠的樂趣，挑選珍珠貝並親自取出珍珠。這樣不僅可以帶回珍珠作為紀念，還可以當場製作首飾，非常特別。此外，每周六還會有針對兒童的海洋知識講解活動，結合學習與娛樂。