仁慈堂由天主教澳門首任主教賈尼路於1569年創立，是澳門歷史最悠久的慈善機構。館內收藏大量與仁慈堂及天主教會相關的文物和祭器，見證天主教傳入亞洲後，在澳門及鄰近地區發展所形成的宗教與文化交流。

館內最珍貴的展品之一，是1662年抄寫的《澳門仁慈堂章程》原件，亦是仁慈堂現存最早、歷史最悠久的文獻。此外，展品還包括賈尼路主教的頭顱遺骨、陪葬十字架及全身畫像，以及前白馬行醫院的銅鐘。宗教文物則有19世紀初的耶穌聖心像、18世紀象牙雕刻的聖母像和耶穌受難像，並印有耶穌會徽號的陶瓷器皿等。